6500万年前，一颗小行星与地球擦肩而过，称霸这个世界的恐龙懵懵懂懂地逃过了灭顶之灾。之后又过了数百万年，恐龙的智力得到进化，它们学会种植、畜牧、建筑，并且拥有属于自己的语言和家庭。某座山脚下的平原地
聚焦真人电影男主Larry Daley的儿子Nick Daley，他不情不愿地也成为了一名博物馆管理员，而《博物馆奇妙夜2》里的卡门拉法老又回来了，想要征服世界。
在距离地球15光年的外太空，科技昌明的Baab星上生活着一群爱好和平的蓝色小人。其中斯科奇（布兰登·费舍 Brendan Fraser 配音）是该星球一个勇猛果敢、正义感十足的超级英雄，他经常驾驶超新
经过了两年的共同生活，如今斯图亚特和乔治一家过得融洽和睦，斯图亚特还是一如既往的聪明精灵，然而内心却为了一件事有点不安——乔治母亲添了小女儿，他们对这个千金宠爱有加，几乎花掉全部时间精力。而乔治功课也
