U. C.0097时期，“拉普拉斯事变”的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩

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2112年新人监视官常守朱和执行官狡噛慎也与以前发生的恶性案件的幕后黑手槙岛圣护相遇。槙岛圣护动摇了维持和平的系统的根基，质疑正义的存在。最后，狡啮对他执行了自己的正义，从此消失无踪……　　2116年